Caricamento di immagini DICOM in Matlab
Un'immagine DICOM è composta da metadati e immagini vere e proprie.
Metadati
I metadati forniscono informazioni sui dati dell'immagine, come dimensioni, dimensioni, profondità di bit, modalità utilizzata per creare i dati e le impostazioni dell'attrezzatura utilizzate per acquisire l'immagine. La specifica DICOM definisce molti di questi campi di metadati, ma i file possono contenere campi aggiuntivi, chiamati metadati privati. Questi metadati privati sono in genere definiti dai fornitori di apparecchiature per fornire informazioni aggiuntive su come le immagini vengono acquisite.
Per caricare le informazioni in Matlab si usa la funzione dicominfo (nell'esempio cverrà caricato un file DICOM di esempio distribuito con Matlab):
>> info = dicominfo('CT-MONO2-16-ankle.dcm')
info =
struct with fields:
Filename: '/Applications/MATLAB_R2022a.app/toolbox/images/imdata/CT-MONO2-16-ankle.dcm'
FileModDate: '18-Dic-2000 18:06:43'
FileSize: 525436
Format: 'DICOM'
FormatVersion: 3
Width: 512
Height: 512
BitDepth: 16
ColorType: 'grayscale'
FileMetaInformationGroupLength: 192
FileMetaInformationVersion: [2×1 uint8]
MediaStorageSOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7'
MediaStorageSOPInstanceUID: '1.2.840.113619.2.1.2411.1031152382.365.1.736169244'
TransferSyntaxUID: '1.2.840.10008.1.2'
ImplementationClassUID: '1.2.840.113619.6.5'
ImplementationVersionName: '1_2_5'
SourceApplicationEntityTitle: 'CTN_STORAGE'
IdentifyingGroupLength: 414
ImageType: 'DERIVED\SECONDARY\3D'
SOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7'
SOPInstanceUID: '1.2.840.113619.2.1.2411.1031152382.365.1.736169244'
StudyDate: '1993.04.30'
SeriesDate: '1993.04.30'
ContentDate: '1993.04.30'
StudyTime: '11:27:24'
SeriesTime: '11:27:24'
ContentTime: '11:27:24'
Modality: 'CT'
ConversionType: 'WSD'
Manufacturer: 'GE MEDICAL SYSTEMS'
InstitutionName: 'JFK IMAGING CENTER'
ReferringPhysicianName: [1×1 struct]
StationName: 'CT01OC0'
StudyDescription: 'RT ANKLE'
NameOfPhysiciansReadingStudy: [1×1 struct]
OperatorsName: [1×1 struct]
ManufacturerModelName: 'GENESIS_ZEUS'
PatientGroupLength: 18
PatientName: [1×1 struct]
AcquisitionGroupLength: 10
SoftwareVersions: '03'
RelationshipGroupLength: 134
StudyInstanceUID: '1.2.840.113619.2.1.1.322987881.621.736170080.681'
SeriesInstanceUID: '1.2.840.113619.2.1.2411.1031152382.365.736169244'
SeriesNumber: 365
InstanceNumber: 1
ImagePresentationGroupLength: 168
SamplesPerPixel: 1
PhotometricInterpretation: 'MONOCHROME2'
Rows: 512
Columns: 512
BitsAllocated: 16
BitsStored: 16
HighBit: 15
PixelRepresentation: 1
SmallestImagePixelValue: 0
PixelPaddingValue: 0
WindowCenter: 1024
WindowWidth: 4095
RescaleIntercept: -1024
RescaleSlope: 1
RescaleType: 'US'
Si osservi che le informazioni riguardano l'immagine possono contenere anche informazioni personali del paziente.
Immagini
Le immagini DICOM possono essere bidimensionali o volumetriche. Le immagini bidimensionali sono assimilabili ad una foto bidimensionale. Per esempio, una radiografia è un'immagine bidimensionale.
Apparecchiature più sofisticate permettono di "affettare" il corpo umano realizzando una serie di immagini bidimensionali sovrapposte. Queste immagini vengono salvate tutte all'interno di una stessa cartella utilizzando una successione numerica per ordinarle. Matlab è in grado di caricare tutte queste immagini inserendole in una matrice 3D.
Lo standard DICOM prevede la possibilità che queste immagini volumetriche possano essere rilevate in istanti diversi. In questo caso Matlab carica oggetti 4D, nei quali la quarta dimensione è l'asse dei tempi.
https://it.mathworks.com/help/images/read-image-data-from-dicom-files.html